In den (Un-)Tiefen der sieben Meere ist Steve Zissou zu Hause, mit seinem U-Boot Belafonte erforscht er seit Jahren das Leben unter Wasser. Aber Steve hat schon bessere Zeiten erlebt, wird von seinem ewigen Widersacher Hennessey ein ums andere Mal düpiert. Nun setzt er alles auf eine Karte, um sich mit einer Aufsehen erregenden, vielleicht letzten Expedition einen Platz in der Geschichte zu sichern. Er macht Jagd auf den seltenen Jaguar-Hai und bekommt es dabei mit Meuterern, Piraten und zahllosen anderen Überraschungen zu tun.

Keiner kennt die Tiefen der sieben Meere besser als Steve Zissou, der mit seinem "Team Zissou" das Leben unter Wasser im U-Boot erforscht. Aber Steve hat schon bessere Zeiten erlebt und setzt nun alles auf eine Karte, um sich mit einer Aufsehen erregenden und womöglich letzten Expedition einen Platz in der Geschichte zu sichern. Mit an Bord befinden sich der undurchschaubare Ned, der womöglich Zissous Sohn sein könnte, die hochschwangere Unterwasser-Journalistin Jane Winslett-Richardson und Steves ungerührte Ehefrau Eleanor, die als der wahre Kopf von "Team Zissou" gilt. Doch wie im Leben lässt sich auch bei Reisen nicht alles immer so genau planen. Und so sieht sich Steve Zissou bei seiner Jagd nach dem unfassbar seltenen Jaguar-Hai mit Meuterei, Angriffen und zahllosen anderen Überraschungen konfrontiert.