Im Jahr 2242 verlässt das Raumschiff Herkules mit einigen tausenden Überlebenden an Bord die Erde, um vor einer verheerenden Seuche zu entkommen und auf einem fremden Planeten den Fortbestand der Menschheit zu sichern. Doch das Schiff hat einen blinden Passagier: Ein fremdartiger Organismus, der nach und nach von immer mehr Crew-Mitgliedern Besitz ergreift. Doch dem tödlichen Wesen stellt sich der hartgesottene Clay Young (Bruce Willis) und seine Crew entgegen, um die interstellare Arche zu retten und die Menschheit vor der Auslöschung zu bewahren.