1964, als Amerika Krieg gegen sich selbst führte: In Jessup County im US-Bundesstaat Mississippi verschwinden drei junge Bürgerrechtsaktivisten spurlos. Das FBI vermutet, dass die drei von fanatischen Anhängern des Ku-Klux-Klans ermordet wurden, doch von den Leichen fehlt jede Spur. Die Agenten Alan Ward (Willem Dafoe) und Rupert Anderson (Gene Hackman) werden mit der Untersuchung des Falls betraut, stoßen jedoch in der Bevölkerung auf großen Widerstand, der ihre Ermittlungen erheblich behindert. Rassismus herrscht in der ländlichen Region, in der selbst der Sheriff und seine Männer Mitglieder des Ku-Klux-Klans sind. Die beiden FBI-Agenten, die sich mit ihren unterschiedlichen Arbeitsmethoden oft gegenseitig im Weg stehen, müssen sich zusammenraufen, um den Fall aufzuklären...