Angefangen bei Miyamoto Musashis turbulenter Jugend und dem Entschluss, zum größten Schwertkämpfer aller Zeiten zu werden, erzählt Vagabond eine beispiellos packende Geschichte über Wachstum, Verrat, Abschied und den Sinn des Lebens.
Der unerfahrene Raufbold Gonnosuke hat sich Kojiro und seinem Meister Ittosai angeschlossen, um von ihnen zu lernen. Doch Kojiro wird von seinen Begleitern getrennt, als er plötzlich einer Gruppe bewaffneter Männer gegenübersteht, die Jagd auf die Überlebenden der Schlacht von Sekigahara machen. Während Gonnosuke um das Überleben seines neuen Freundes bangt, wächst dieser förmlich über sich hinaus ...